上海磁浮示范运营线在2009年12月31日16时因运行控制系统故障停止运营。至2010年1月1日凌晨3时10分故障排除，6时45分第一班车恢复正常运营。

　　故障发生后，磁浮公司立即启动了突发事件应急预案，一方面，立即组织技术人员进行抢修。另一方面，紧急安全疏散滞留在列车、站台上的乘客430余人，在浦东公交公司的大力支持下，在半小时内迅速调配了10辆公交巴士，对乘客进行龙阳路站和浦东机场间的来回免费驳运，并通过磁浮车站广播、专人引导、上海人民广播电台交通台和上海新闻综合频道新闻热线播报列车停运信息，帮助引导乘客选择其他交通方式。17点30分，轨道交通2号线列车车厢电视也滚动播报了上海磁浮示范运营线停运信息。

　　停运期间，磁浮公司共组织驳运22辆车次，运送乘客850余人。乘客普遍理解、支持、配合，现场秩序良好。